Kommunalbestyrelsen kan beslutte, at der ikke skal opkræves gebyrer eller, at der kun skal opkræves gebyrer for visse sagstyper, jf. BR18, § 39, stk. 3.
Det er således op til den enkelte kommune at bestemme, om omkostningerne til byggesagsbehandlingen skal finansieres gennem opkrævningen af byggesagsgebyrer, eller om omkostningerne helt eller delvist skal dækkes via skatteindtægter.
Hvis kommunalbestyrelsen beslutter sig for at opkræve byggesagsgebyrer, skal dette dog enten ske efter tidsforbrug eller som et mindre, fast gebyr, hvilket fremgår af § 39, stk. 2.
Ved opkrævning af gebyr efter tidsforbrug, skal gebyret i hver byggesag opkræves i forhold til den tid, som kommunen har brugt på at behandle byggesagen, således at størrelsen på gebyret afspejler, hvor lang tid kommunen har brugt på at behandle ansøgernes byggesag. Det betyder, at gebyrets størrelse kan være højere for behandlingen af særligt komplekse sager, som er meget tidskrævende. Som eksempel kan nævnes byggesager, som giver anledning til modtagelse af mange høringssvar mv. Se i øvrigt mere herom i afsnit 8.
Hverken byggeloven eller bygningsreglementet stiller krav til, hvordan tidsregistreringen skal ske. Det er derfor op til den enkelte kommune at vælge, hvordan kommunen vil indrette tidsregistreringen samt fastlægge procedurer for, hvorledes tidsregistreringen bør ske.
Kommunen skal dog opkræve gebyr for perioden fra den egentlige byggesagsbehandlings påbegyndelse indtil sagens endelige afslutning hos kommunen. Sagens endelig afslutning vil som udgangspunkt være ved kommunalbestyrelsens ibrugtagningstilladelse efter BR18 § 43.
Efter BR18 § 39, stk. 3, kan kommunalbestyrelsen vælge, at der alene skal opkræves gebyr for byggesagsbehandlingen af visse typer af sager (eks. lovliggørelsessager, dispensationsansøgninger mv.), visse typer af sager inddelt efter typer af byggeri (eks. enfamiliehuse, lagerbebyggelse mv.) eller visse typer af sager omfattet af særlige regelsæt (eks. byggeri omfattet af almenboligloven).
Det er op til den enkelte kommune at inddele sagstyperne efter objektive og saglige kriterier. Inddelingen af de enkelte sagstyper forudsætter, at det er muligt at lave en klar definition og afgrænsning af, hvad der er omfattet af den pågældende sagstype.
I gebyropkrævningen skal kommunerne iagttage ligebehandlingsprincippet. Det betyder, at såfremt en kommune beslutter sig for at opkræve byggesagsgebyr i nogle sagstyper (eks. kun ved sager vedrørende enfamilieshuse), skal kommunen opkræve gebyr i alle sagerne inden for den samme sagstype, således at det sikres, at kommunen ikke usagligt forskelsbehandler ansøgerne.
Beslutter kommunalbestyrelsen, at der alene skal opkræves gebyrer for visse sagstyper, men ikke for andre, må kommunen alene dække udgifterne til behandling af de sager, der er gebyrpålagt. Udgifterne forbundet med de sagstyper, hvor kommunen har valgt, at der ikke skal opkræves byggesagsgebyrer, kan således ikke dækkes via gebyrindtægterne. Disse sager skal i stedet skattefinansieres. Som eksempel kan nævnes, at hvis kommunen kun opkræver gebyr for erhvervsbyggeri, må gebyrindtægterne kun dække udgifterne til behandling af erhvervsbyggeri og ikke udgifterne til parcelhuse, som så skal skattefinansieres.
Kommunalbestyrelsen fastsætter selv timeprisen. Der skal dog opkræves samme timepris i alle de sager, hvor kommunalbestyrelsen beslutter, at der skal opkræves byggesagsgebyr efter tidsforbrug. Se også afsnit 9.
Såfremt der opkræves gebyr efter tidsforbrug, kan der ikke samtidig opkræves et mindre, fast gebyr i de sager, hvor der opkræves gebyr efter tidsforbrug, jf. § 39, stk. 2.